南京大学国家保密学院是设在南京大学校内、依托信息管理学院的学科平台和教学、科研资源，联合相关学科于2008年建立的国家第一所保密专业人才培养机构。学院由南京大学和国家保密局共同建设，南京大学党委和江苏省保密局共同参与管理。

学院具有本硕博贯通的保密人才培养体系，在本科“信息管理与信息系统”专业设立“保密管理”方向，研究生具有国家安全数据管理以及情报学安全情报方向。除了信管专业所必须掌握的数理、外语、计算机技术基本知识和应用能力外，保密管理方向的学生还必须具备信息安全保密法律知识、信息安全系统和管理制度设计能力和分析能力、保密防范技术知识、密码知识、涉密资料文档组织和保管、网络安全防护等方面的知识。教学内容涉及保密行政管理、保密法学和保密技术三类，注重理论-实践相结合，形成“课程实验-项目实践-专业实习”三位一体的教学模式，致力于培养懂技术、通法律、善管理的综合型保密管理人才。

保密学院在南大仙林校区信息管理学院一楼设有实验室、攻防室、警示教育室，办公室设在A101-1室。常务副院长由信息管理学院院长裴雷教授担任。